Il caffè venne catalogato nella famiglia delle rubiacee dal botanico svedese Carlo Linneo.
Il sistema di classificazione raggruppa ben 4500 varietà, tra cui 60 specie appartenenti al genere coffea.

Delle circa 60 specie di piante di caffè esistenti, solo 25 sono le più commerciali per i frutti, ma di queste solo 4 sono importanti per scopi commerciali: la Coffea Arabica, la Coffea Robusta, la Coffea Liberica e la Coffea Excelsa.