Come succede per la descrizione di un lotto, anche la valutazione delle caratteristiche fisiche del caffè dei difetti in esso presenti è variabile a seconda della sua provenienza o addirittura a seconda dell'organismo che la codifica.
In Brasile, per esempio, viene utilizzata la C.O.B. (Classificazione Ufficiale Brasiliana): essa è perÒ riconosciuta solo per il mercato interno, in quanto le classifiche ufficiali per l'esportazione sono basate sul parametro di New York.

Grani Malformati: Forme abnormi, leggermente rigonfiati con taglio decentrato.
Cause: Difetti di crescita. Fattori fisiologici.

Grani In Pergamino: Il chicco è ricoperto totalmente o parzialmente dall'endocarpo secco. Cause: Per il caffè naturale decorticazione difettosa, per quello lavato sgranatura a frizione mal regolata.

Grani Rinsecchiti: Grani solitamente leggeri, superficie rossastra - brunastra all'apparenza più secca dei grani sani, a volte leggermente raggrinzita. Cause: Fermentazione delle ciliegie mature raccolte in ritardo e/o eccessiva permanenza a contatto con il suolo.

Grani Rotti: Frammenti di chicco.
Cause: Essiccazione inadeguata e cattiva regolazione del decorticatore e dei ventilatori durante il processo di beneficiamento del caffè.

Grani Tarlati: Grani perforati da insetti, chicchi con uno o più fori circolari del diametro di 0,5-1,5 mm. Cause: Grani attaccati da un insetto scientificamente denominato Hypothenemus Hampey conosciuto come broca o caruncho; in italiano vengono comunemente denominati grani tarlati.

Grani Verdi Immaturi: Superficie raggrinzita di colore grigio verdastro con tonalità anche più scure sino a raggiungere il marrone e il nero. I cosiddetti quaccheri sono anch'essi chicchi immaturi di colore verdastro chiaro con tinte di giallo pallido, ed hanno una densità notevolmente inferiore a quella dei chicchi sani.
Cause: Bacche raccolte ancora immature.

Grano Nero: Superficie esterna totalmente o parzialmente nera. Aspetto a volte raggrinzito. Alcuni grani hanno l'interno completamente nero, altri presentano una massa compatta grigiastra o marrone.
Cause: Raccolta del frutto in ritardo rispetto alla maturazione e/o prolungata permanenza a contatto con il suolo.

Orecchie: Grani a forma di orecchia. Malformazione del chicco che si presenta in una forma assomigliante ad un orecchio o ad una conchiglia con pareti molto sottili. Cause: Fattori genetici - fisiologici Pietre o grumi di terra: Pietre o grumi di terra di varie dimensioni, vulcaniche e non.
Cause: Ventilazione manuale carente durante il raccolto, spietratura meccanica, poco efficiente durante il beneficiamento. Possono danneggiare seriamente i macinini.

Legnetti Vari: legnetti di varie forme e dimensioni. Cause: ventilazione manuale carente durante il raccolto, ventilazione meccanica ma non efficiente durante il beneficiamento.